ניסיונות ההשתלטות הבלתי חוקיים והמנוגדים - בעליל - לחוק יסוד: הצבא, לפקודות מטכ"ל והוראות המטה הכללי של חלק מרבני ומראשי ישיבות ההסדר, יסודן בתחושת הביטחון העצמי המופרז של רבנים וראשי ישיבות הסדר אלה, לפיה שליטתם על בוגרי ישיבות ההסדר אינה תמה ואינה פגה, גם בהיותם בשירות צבאי מלא, במסגרת שירותם הצבאי השוטף.
רעה חולה זו יסודה בכך, כי הבסיס החוקי המעגן שירותם הצבאי של תלמידי ישיבות ההסדר בצה"ל, הלא הוא חוק דחיית שירות לתלמידי ישיבות שתורתם אומנותם, שחוקק בשנת 2002. בניגוד לשאר חיילי צה"ל, המחויבים בשירות צבאי מלא,
במסגרתו נתונים הם למרות הצבא - ולמרות הצבא בלבד הרי החיילים במסלול ישיבות ההסדר מחויבים בשירות חובה של שלוש שנים ושבעה חודשים בישיבת ההסדר (הקרוי בשם: "של"ת") וכן בתקופה שירות נוספת של שנה וחמישה חודשים, בשירות צבאי פעיל (הקרוי: "שר"פ").
לעיתים עובר השר"פ תקופת שנה וחמישה חודשים, ככל שמשתתפים תלמידי ההסדר בקורסים דוגמת: קורס חובשים, קורס מכ"ים, קורס קצינים ועוד. אורך השירות משתנה ותלוי בצרכי הצבא וכן בתפקידו של החייל. חיילים בתפקידי העורף משרתים כיום גם כשנה וחמישה חודשים כמו חייל בני"ש קרבי רגיל, ואילו חיילים בתפקידי פיקוד משרתים יותר. במהלך שירותם הצבאי משרתים חלק מתלמידי ההסדר בצוותא במחלקות מיוחדות להם, המפוזרות בסוף מסלול ההכשרה הקרבי וחלקם משרתים במחלקות "מעורבות", מתחילת השירות. חיילים לא קרביים, אשר מהווים מיעוט בהסדר, עוברים אך ורק טירונות יחדיו.
הגדרתה של ישיבה, כישיבת הסדר נעשה בהמלצת איגוד ישיבות ההסדר. ארגון זה גם מייצג את ראשי ישיבות ההסדר במגעים, דיונים, ובקשות מול צה"ל ומשרד הביטחון בנושא שירות וזכויות חיילי הסדר. מספר מועט של ישיבות אינן חברות באיגוד והן מתנהלות מול צה"ל בצורה עצמאית. הגוף האחראי להקשר בין חיילי המסלול לצבא במהלך השהות בישיבה הוא מדור בני ישיבות בענף תגבורת סדיר שבמיטב. מדור בני ישיבות עובד בתיאום עם איגוד ישיבות ההסדר, שהוא עמותה אזרחית.
בשירותם הצבאי
כולל תקופת השר"פ מצויים תלמידי ישיבת ההסדר בקשרים הדוקים עם ראשי ישיבות ההסדר המשמשים כ"מורים רוחניים" ודואגים, שהם לא "יתקלקלו" בשירותם הצבאי ולא תפגע אמונתם הדתית, המתבטאת בין השאר בטקסים הפולחניים היומיומיים, דוגמת הנחת תפילין, תפילות בסדר ועוד.
בעוד שבעבר זכו ישיבות ההסדר להערכה רבה בקרב הציבור החילוני, על-רקע סירובם של החרדים (סירוב שנסדק, במעט, בשנים האחרונות, עם הקמת גרעיני גיוס חרדיים בצה"ל) לשרת בצה"ל, ועל-רקע מצוינותם החיילית והיותם מתנדבים לחילות התנדבותים ולקורסים איכותיים בצה"ל, הרי הערכה זו הולכת ופוחתת, בשנים האחרונות. בשנת 2006 הגישה ועדה בראשות פרופ' אבי בן בסט דוח, הקובע שיש לקצר שירות החובה בצה"ל, כאשר אחד הסעיפים בדוח זה היה ביטול המסלולים הייחודיים, לרבות מסלול ההסדר. לאחר רצח רבין בידי
יגאל עמיר, בוגר ישיבת הסדר, עלו קולות שקראו לפירוקן של ישיבות ההסדר.
בתחילת ההכנות ליישום תוכנית ההינתקות, ביולי 2005, דווחו מקרים רבים של הצהרות על סרבנות בקרב חיילי הסדר. בתגובה הזהיר צה"ל, כי סרבנות של חייל הסדר עלולה להביא להוצאתו הן מיחידתו והן ממסלול ההסדר, דבר שיאריך שירותו הצבאי בשנה וחצי נוספות. במקרה אחד פוזרה מחלקת בני ישיבות לאחר שתשעה מחייליה סירבו פקודה. לאחר ההינתקות תבע ראש אגף משאבי אנוש, בצה"ל, האלוף דאז (חבר-כנסת, היום),
אלעזר שטרן התפטרותם של שני ראשי ישיבות הסדר שהטיפו לסרבנות בפומבי, ואיים בהוצאת ישיבותיהם מחוץ להסדר אם לא יתפטרו, דבר שלא מומש בפועל.סרבנות נוספת של חיילי ההסדר, באופן מרוכז, הייתה בחודש אוגוסט 2007, בעקבות פינוי הבתים בשוק הסיטונאי בחברון ובתמיכת מספר רבנים. בעקבות התקרית הודחו 12 לוחמים מהיחידה.
הניסיונות הבוטים
המנוגדים לפקודות מטכ"ל של רבני וראשי ישיבות ההסדר לכוף על תלמידיהם, במסגרת שירותם הצבאי השוטף בצה"ל,
שלא להשתתף בפעולות מבצעיות וצבאיות, יחד עם חיילות, כל זאת במסגרת ההתקפה החזיתית הזועמת כלפי בנות דתיות, המשרתות שירות צבאי מלא בצה"ל, מצביעות על כך כי רבני וראשי ישיבות ההסדר, חצו, במעשיהם אלה, הגבול המותר לאזרחים להביע דעתם, במסגרת
חופש הביטוי. לפי גישתם זו של רבני וראשי ישיבות ההסדר, רשאים הם, כמו-גם מצווים הם, מכוח "דעת תורה" להורות לחניכיהם, המשרתים שירות צבאי מלא בצה"ל ונתונים למרותו של צה"ל, להפר פקודות מטכ"ל, כל אימת
שלדעתם הם יש בפקודות אלה, משום פגיעה בקיום תרי"ג מצוות ומניעתם חניכיהם מלקיימם.
בסוף השבוע שעבר החל קמפיין "אחים לנשק", של המתנגדים לשירות משותף של בנים ובנות בצה"ל, במטרה לפעול לביטול פקודת השירות המשותף בצה"ל לבנים ולבנות, כמו-גם 'להציל את צה"ל', כסיסמת קמפיין זה. בינתיים נמסר, כי צה"ל מתכוון לפעול כנגד בני ישיבות ההסדר המצויים בתקופת הלימוד בישיבה לאחר חיולם ומשתתפים בחלוקת חומרי הסברה במסגרת הקמפיין. בכך גרמו וגורמים רבני וראשי ישיבות ההסדר להכנסת פוליטיזציה לצה"ל - דבר ממנו נמנעו פוליטיקאים מכל רחבי הקשת הפוליטית, עד כה.