היקף הסמכות שנתן המחוקק לעובדי רשות המיסים לקבוע לכל תושב ישראל "שומה לפי מיטב השפיטה", דהיינו: את סכום המיסים שיחול על עסקותיו של אותו תושב, בין על-ידי הקביעה של עצם היותה של העסקה חייבת במס ובין על-ידי קביעת שיעור המס שיחול עליה, הוא רחב ביותר.
קביעת "שומה לפי מיטב השפיטה" יכול שתעשה לפני ביצוע העסקה או במהלכה, בדרך של החלטה מקדמית מראש (פרה-רולינג) או לאחר הגשת הדוח על ההכנסות שנבעו לעושה העסקה. היקף הסמכות של עובדי רשות המיסים רחב ביותר גם לגבי ביטול חובות מס, לרבות ביטול קנסות, הצמדה וריבית בשל סכומי מס שכבר נקבעו.
סמכות זו של פקידי השומה ועובדיהם, הופכת אותם למעשה לבודקים ושופטים גם יחד. סמכות מעין שיפוטית זו, מקנה להם עוצמה רבה שבצידה סמכויות אכיפה בעלות אפקטיביות רבה באמצעות פקודת המיסים. בכך הם הופכים גם למוציאים לפועל ויכולים לפעול לאכיפה וגבייה של ההחלטה שקיבלו.
"פרשת המיסים" מעלה על השטח את הקושי של הסמכת עובדי רשות המיסים לשמש כבודקים, שופטים ומוציאים לפועל גם יחד. קושי זה מקבל ביטוי של ממש בעבודה שוטפת בכל קשת ההחלטות בשטח, החל מעובדי רשות המיסים אשר מייחסים להם קשיחות יתר על המידה בהחלטותיהם, תוך התעמרות באזרח הקטן וכלה באלו מהם הנחשבים "קלים" או נחמדים, הבאים לקראת האזרח הקטן או בעל ההון הגדול.
החלטות מהירות ואחידות של עובדי רשות המיסים הן הכרחיות. שכן, כולם נסכים כי חבות המס מהווה שיקול חשוב וכלכלי בכל השקעה ועסקה ואין כל יכולת לנהל פעילות כלכלית תקינה ללא מערכת מיסוי בעלת וודאות ויציבות.
ברוב המקרים עדיפה פרשנות מקלה של חוקי המס על פני התמודדות של שנים בבתי המשפט שתוצאתה אין לדעת ואשר תפריע לקיום התנהלות עסקית תקינה של אנשי עסקים, אשר מעוניינים לדעת מראש או לפחות בדיעבד, אך בזמן סביר, את תוצאות העסקה ואת סכומי המס שעליהם לשלם.
בין קשיחות לבין שרלטנות בהחלטות המיסוי, הפיתרון המוצע הוא שקיפות. פיתרון זה כבר יושם בתחולה משנת המס 2006 בקביעת מנגנון החלטות מסודר לגבי "החלטות מיסוי מקדמיות" (פרה-רולינג). לעומת זאת, פיתרון זה לא יושם לגבי "גילוי מרצון" על עסקות ומס שלא דווחו ולא שולמו, לרבות תשלום כופר ולגבי "הסכמי שומות" והחלטות אחרות של עובדי רשות המיסים.
הקושי הוא בכך, שמרבית החלטות עובדי רשות המיסים הן חסויות לציבור ואין בהן שקיפות ציבורית להחלטות שהתקבלו במסגרת מהלכים אלו, מה שיוצר תחושת אפליה, אף אם אינה מוצדקת, המעיקה על ציבור משלמי המס, אשר חשים כי הם מקופחים ביחס לאחרים "מקורבים לצלחת".
הפיתרון היחיד לכל אלו, הוא "שקיפות", כל החלטות עובדי רשות המיסים ראוי שייעשו תוך בקרה פנימית מיידית, בקרה פנימית/ציבורית עליונה של ממלאי תפקידים בכירים ובקרה חיצונית של הציבור הרחב שיבחן את ההחלטות שיפורסמו.
אין כאן המקום לקבוע את דרכי ביצועה של השקיפות, אך בהחלט אפשר לקבוע כי רק היא תוכל למנוע את תופעת הקשיחות או את החשש לשרלטנות. יש בעיקרון השקיפות בקרה ראויה על החלטה של כל פקיד מס. דרך השקיפות נקבעה כ-"דרך המלך" ביחסים שבין ציבור משלמי המס לבין רשות המיסים, במספר פסקי דין שפורסמו לאחרונה ואשר חייבו את רשות המיסים בגילוי מסמכים מלא למשלמי המס ואף בחשיפה וגילוי של הסדרי פשרה ותשלום שנערכו לגבי משלמי מס מסוימים, למשלמי מס אחרים, אשר עמדו על זכותם שלא להתפשר או שלא הסכימו להתפשר, בלא שיקבלו מידע מלא ומפורט על הסדרים עקרוניים דומים שנתקבלו במשרדי פקידי השומה לגבי עניינים דומים.
עיקרון השקיפות אינו סותר את עיקרון הסודיות. בטוחני כי ניתן למצוא את האיזון הנאות בין עיקרון ה-"שקיפות" לבין העיקרון החשוב של ה-"הסודיות". שני אלו ידורו יחד על-ידי קביעת נהלים מתאימים על-ידי המחוקק והפסיקה.
בשלב זה חשוב לזכור כי "פרשת המיסים" עדיין בשלבי חקירה ואין לנו כל מידע של ממש לגבי תוצאותיה. עם זאת, עד לסיומה, חשוב שעובדי רשות המיסים ימשיכו את עבודתם המקצועית שבטוחני כי רובם ככולם מבצעים אותה על הצד הטוב ביותר, שהרי אין הם אלא חלק מכולנו וכולנו חלק מציבור אזרחי המדינה.
כל שנשאר הוא לבקש, יהיו תוצאותיה של החקירה אשר יהיו, כי עובדי רשות המיסים יישמו את הסמכויות שהטיל עליהם המחוקק בזהירות רבה, אך לא יירתעו מיישום זה וידחו כל דיון והחלטה רק בשל חשש ייתר. הפיתרון המעשי שיבוא לעזרתם הוא גיבושם המהיר של נהלי בקרה ושקיפות, שיקלו על הרגשתם של עובדי רשות המיסים ועל תחושתו של ציבור משלמי המס, כי ההחלטות המתקבלות הן אחידות, שוויוניות והנכונות ביותר בנסיבות העניין, לפי קריטריונים שייקבעו.