החברה פועלת באמצעות האורגנים, יש לקבוע חלוקת הסמכויות ויחסי הגומלין ביניהם. סעיף 46 לחוק קובע: "האורגנים של החברה הם האסיפה הכללית, הדירקטוריון, המנהל הכללי וכל מי שעל-פי דין, או מכוח התקנון רואים את פעולתו בעניין פלוני כפעולת החברה לאותו עניין".
9 מכאן שעפ"י החוק החדש שלושה אורגנים עיקריים: האסיפה הכללית, הדירקטוריון וההנהלה המעשית, שבראשה עומד מנכ"ל.
האורגן של האסיפה הכללית כולל את מכלול בעלי המניות של החברה, הנהנים מזכויות הצבעה, והוא פועל כקבוצה, המקבלת את החלטותיה במסגרת הקבוצתית של החלטות רוב, רגיל או מיוחד. בהתאם מגדיר ס' 1 לחוק:
"אסיפה כללית" -"אסיפה שנתית או מיוחדת של בעלי המניות". "אסיפה שנתית"- אסיפה של בעלי המניות לפי ס' 60. "אסיפה מיוחדת"- אסיפה כללית של בעלי המניות שאינה אסיפה שנתית". יש לכנס את אסיפת בעלי המניות מידי שנה, סדר היום כולל: דיון בדוחות כספיים, דיווח הדירקטוריון, מינוי דירקטורים, מינוי רו"ח, מבקר, וכן נושא שנקבע בתקנון או כל נושא אחר.
10
מאחר שהאסיפה הכללית פועלת עפ"י החלטות הרוב, אחוזי החזקה מסוימים במניות החברה הופכים לאחוזי החזקה קריטיים: ראשית, בעל מניות המרכז בידיו 75% ממנות החברה נהנה מן הכוח המוחלט לשלוט בהחלטותיה של האסיפה, שנית, בעל מניות המחזיק למעלה מ 50% ממניות החברה נהנה מן השליטה על מירב החלטותיה של האסיפה, ובהיעדר כזה, הרי שגם בעל מניות המרכז בידיו אחוזי החזקה משמעותיים אך נמוכים יותר, יכול ליהנות משליטה על מהלך קבלת ההחלטות באסיפה.
11
הדירקטוריון- זהו הגוף המופקד על ניהול החברה, הוא כולל מספר חברים המתמנים מעת לעת ע"י האסיפה הכללית. אף הוא מקבל החלטותיו במסגרת הקבוצתית של החלטות רוב. בראשה עומד יו"ר הדירקטוריון, הנבחר על ידו, והא ראשון בין שווים לא נקבע יחס היררכי בינו לחברי הדירקטוריון. הדירקטוריון יתווה מדיניות החברה ויפקח על ביצוע תפקידי המנהל הכללי ופעולותיו.
12
הדין המסורתי הכיר רק באסיפה הכללית ובדירקטוריון כאורגנים של החברה. האסיפה הכללית תפקידה למנות את הדירקטוריון, ולעצב הליכי קבלת ההחלטות בחברה, במסגרתם של מסמכי ההתאגדות. חוסר יכולתו של הדירקטוריון לנהל את החברה כתוצאה מריבוי ועומס ההחלטות- הביא להתפתחותם של שני אורגנים חדשים- וועדות דירקטורים, וההנהלה המעשית: וועדת דירקטורים הינה וועדה המורכבת מחברי הדירקטוריון אשר הואצלו לה סמכויות ניהול שונות.(שכר, לוגיסטיקה, כספים, ביקורת).
ההנהלה המעשית כוללת מספר נושאי משרה של החברה, אשר לכל אחד הואצלו סמכויות ניהול מסוימות מן הדירקטוריון. להבדיל מן האורגנים האחרים הרי שחברי ההנהלה המעשית אינם פועלים במסגרת קבוצתית. אדרבא לכל מנהל בתחומו ניתנת הסמכות לפעול בעצמו בשם החברה, כגון: מנהל הכספים, מנהל כ"א, הייצור ועוד. חוק החברות החדש מכיר באורגנים אלו ומסדיר פעולתם.
13
הנושא המרכזי בדיני חברות, כפי שציין גרוס הינו שאלת השלטון והממשל בחברה, ובחינת התפקוד של אלה בקהילה. לדעתו קיים משולש כוחות: דירקטוריון/בעלי מניות/ הנהלה פעילה.
14 בעיה נוספת הינה
בעיית הנציג, הנגזרת מהכוחות הפועלים בחברה, הנוצרים מההפרדה בין
הבעלות המצויה בידי בעלי המניות לבין השליטה הנתונה למנהלי התאגיד. קיים חשש שמנהלי התאגיד, יעדיפו את האינטרס האישי שלהם על פני זה של בעלי המניות. דבר היכול להתבטא בניהול לא יעיל של העסק, בצריכת טובות הנאה על חשבון התאגיד וכדו'.
15כפי שציין קרניאל, נושא המשרה עומד במצבים שבהם עומד מולו הפיתוי- לפעול, למען אינטרסים זרים לאלו של החברה, לפיכך, מוטלת עליו לצד הכוח הנמסר לידיו לנהל את החברה גם אחריות. על בעל הכוח לפעול בתום לב ובהגינות למען הגשמת תפקידו כנציג.
16
מערכת המשפט מנסה לנסות למצוא פתרון לבעיית הנציג, מתוך מגמה להשיב הפירמידה ההיררכית של קבלת ההחלטות בחברה על כנה, והיא מבקשת לפעול בכיוון ההפוך לתהליך של ריכוז הכוח בידי קבוצה קטנה של מקבלי החלטות ע"י הרחבת המעגל של מקבלי ההחלטות בחברה.
על-מנת שלא ייוצר מצב, בו כבשה ההנהלה המעשית, את מוקדי הכוח המרכזיים בניהולן של חברות ציבוריות, וזאת כתוצאה מחוסר אונו של הדירקטוריון לשמש כאורגן המנהל את ענייניה של החברה, ולא נוטל חלק פעיל בניהול, נזקקה המערכת המשפטית ל"מודל הפיקוח"- המורכב משלושה מסגרות של הסדרים משפטיים: עידוד זרימה של אינפורמציה על עניני החברה לדירקטוריון ולאסיפה הכללית/מיוני גוף שתפקידו לפקח על הנהלת החברה/הרחבת האחריות המשפטית של הגוף המפקח.
מודל הפיקוח מתבסס על ההפרדה בין האורגן המנהל את החברה, לבין האורגן המפקח על ניהולה. בעוד שתפקידי הניהול הופקדו בידי המנכ"ל, הרי שתפקידי הפיקוח הופקדו בידיו של הדירקטוריון ס' 120 לחוק:"המנהל הכללי אחראי לניהול השוטף של עניני החברה במסגרת המדיניות שקבע הדירקטוריון ובכפוף להנחיותיו". ס' 49 –מתייחס לכך שהדירקטוריון יתווה מדיניות החברה. קיימת הפרדה אישית בין הגוף המנהל לגוף המפקח.
17
וועדת הביקורת: נושא ביקורת הפנים בחברות קיבל תפנית רבת משמעות לאור התיקונים בפקודת החברות, לאור חקיקת חוק הביקורת הפנימית, 1992.
18 זוהי הוועדה היחידה שהחוק דורש את הקמתה בחברה ציבורית. במקרים רבים סמכויות הוועדה הינן תנאי מוקדם לסמכויות הדירקטוריון, שכן פעולות שונות בחברה ציבורית אינן ניתנות לביצוע ללא אישורה מראש. הפכה לוועדה בעלת מעמד סטטוטורי. בחברה ציבורית דירקטוריון חייב למנות וועדת ביקורת, בחברה פרטית-"רשאי". על הוועדה חלות הוראות החוק המתייחסות לוועדות הדירקטוריון, בשינויים. יכהנו בה לא פחות משלושה חברים, וכל הדירקטורים החיצוניים יכהנו בה. מי שלא "כשיר" לכהן בה: יו"ר/דירקטור המועסק בחברה/בעל שליטה/או מקורבו. בחברה פרטית אין חובה למנות אותה, ותפקיד אישור נושאי משרה עובר אז במקומה לאישור האסיפה הכללית. הוועדה בחברה פרטית-תתמנה ע"י הדירקטוריון מבין חבריו למעט: יו"ר/וכל דירקטור המועסק בחברה או נותן לה שירותים. בחברות ממשלתיות קיימת חובת מינוי לוועדת ביקורת, החלטותיה מחייבות, ואין רק בגדר המלצה. הרכבה לא יפחת משלושה שנבחרו מבין חברי הדירקטוריון, אין הוראה בדבר בעלי תפקידים הפסולים לכהונה.
לוועדת הביקורת תפקיד "שיפוטי", שבמסגרתו עליה לבחון עסקות בין החברה לבין נושאי מישרה בעלי עניין בה ולהכריע אם לאשרן ואם לאו. תפקיד זה הוטל עליה עפ"י דין והיא יכולה להחליט אם לאשר: פעולה הנוגעת בהפרת חובת אמונים, כאמור בס' 255 לחוק, וכן עסקות עם בעלי עניין, כאמור בס '268-275 לחוק. לוועדה גם תפקידי פיקוח: עליה לעמוד על הליקויים בניהול העסקי של החברה, בין היתר תוך התייעצות עם רו"ח של החברה, או מבקר הפנים שלה, ביקורתה תעשה על בסיס הדוחות הכספיים וכל המסמכים. על הוועדה לדון בענייניי ביקורת הפנים, תוך התייעצות עם המבקר הפנימי של החברה, הנ"ל ממונה גם לפי המלצתה, ראה ס' 147-153 לחוק-כהונתו לא תופסק שלא בהסכמתו ולא ניתן להשהותו, אלא רק בהחלטת דירקטוריון, ולאחר שקיבל הזדמנות "סבירה" להשמיע עמדתו בפני הוועדה והדירקטוריון.
וועדת הביקורת נדרשת לעיתים למעורבות בניהול עסקיה של החברה,מעבר לנדרש בחוק, ונמסרים לידיה תפקידים מיוחדים. כן יש לציין שהבורסה לניירות ערך דורשת מידי פעם הרחבת סמכויותיה של הוועדה-כדי להבטיח בכך את האינטרס של הציבור.
19 ההסדר של מינוי דמ"צים וועדת הביקורת נועד להגן על בעלי המניות הפסיביים בחברה הציבורית, ולא להתיר את אכיפתו של ההסדר לבחירתם החופשית של בעלי מניות הרוב בחברה.