היסטוריונים, בדומה לאסטרונומים, חוקרים ומפרשים את הנראה או הנחשף. מתחת לאדמה או ביקום הקיים מסביבנו. אלה באמצעות חשיפת כלים, עצמות, שרידים וכתבים על-פי "קוד" חברתי אנושי מתמשך, ואלה באמצעות ציוד אופטי נתון, שמשתכלל ובהתאמה לתיאוריות מתמטיות פיסיקליות. אלה רואים, מנתחים ומפרשים תמונות מורכבות של התפרצויות קוסמיות שמגיעות באיחור שנות אור, ואלה מנסים ליצור תמונות בהירות מהתפרצויות חברתיות באיחור של שנות דור.
שורשים, מטבעם, סמויים ולכן אינם מותירים כל סימן שעל פיו ניתן לחקור ולהסיק מסקנות, לפחות לא בחושים שעליהם מתבססת התבונה האנושית שביכולתה לחשוף, לתאר, להעריך ולכמת מציאות. כך, אין לנו מושג לגבי מה שקדם למפץ הגדול בהנחה שהתיאוריה הזאת שרירה; או לגבי "החומר האפל" ביקום הקוסמי. כך, אין לנו כלים ממשיים לתאר באמת את שורשי ה"התפרצויות" החברתיות-תרבותיות, כי טבעם הוא שאינם מותירים סימן.
עבודת המחקר שפרסם פרופ' שמואל פיינר מטעה בכותרתה. היא אינה דנה בשורשי החילון אלא בניצניו. הניצנים נראים ראשונים והם הסימן הראשון הנראה לצמיחה. באשר לשורשים, אין ברירה אלא להציג תיאוריה השואבת מתוך ידע התהליכים בתוכנת התבונה של הפרט, ועל פיו להעריך את תהליך ההשתנות החברתית-תרבותית שהתרחש מתחת לפני השטח עד שהחל ללבלב ולהיחשף. לכן, את שורשי החילון יכולים לתאר טוב יותר, אנתרופולוגים, סוציולוגים ומנתחי חברה, מאשר היסטוריונים.
שורשי החילון או זרעיו נטמנו כנראה כבר במאות ה-15 וה-16 שבהן נפתחו אופקים חדשים בפני התרבות האירופית, באמצעות פיתוחן של ספינות ויכולות ניווט מתקדמות, שנדחפו על-ידי הדחף האנושי להתעשרות ולהשתלטות. הסיכוי המוכח להתעשרות והתאוות הפוליטיות לעוצמה ולשליטה, והתחרות בין מוקדי הכוח האירופיים, הביאו להשקעות בסיכונים, בעקבותיהן להאצת השתלטות ולכיבושים. ההתעשרות הגוברת שחררה את האדם והגבירה אצלו את הסקרנות.
מסעותיו של מגלן, שהיוו הוכחה ממשית ראשונה לצורת הארץ ומיקומה ביקום, תיאוריית קופרניקוס ובעקבותיו קביעותיו של גלילאו, וככל הנראה עוד מספיק אחרים, שלא נחשפו ולא תועדו בגלוי מסיבות אנושיות מובנות - הם הסימנים הגלויים להיווצרות סדקים משמעותיים בסכר תרבותי בן אלף השנים של שלטון פוליטי דתי, שהחזיק מאחוריו אגם אנושי שלם, שחי בהבנה שלמה ומוטעית של המציאות. חוקרים מלומדים חידשו ושיכללו תיאוריות חישוביות עתיקות שנהגו עוד ביוון הדמוקרטית ונבלמו, נחסמו ונאטמו, בכוחה הדורסני האידיאולוגי והפוליטי של השתלטות דת האמונה המונותואיסטית, וחנקו את החשיבה המדעית-פילוסופית החופשית, למשך דורות רבים.
הקמת משטרת האינקוויזיציה, באה לפתור בכפייה, בעיה, שהלכה והחריפה, של סדיקה גוברת בנאמנות לדת, ב"סכר" השלטון הנוצרי הפוליטי והכלכלי באירופה. הממסד הדתי חדל לשכנע והביא לכך שהאמונה אותה ייצג החלה להתערער. אמצעי הכפייה שנוקט שלטון כדי לשרוד, כאשר אובד לו קסם הראשוניות ופוחתת תמיכת הנתינים, זה סימן ברור לסדק משמעותי, שיסכן את יציבות כל המבנה. כל עוד לא תיראה חלופה משכנעת, החברה תביע מורת רוח, סלידה ותהליך הצביעות החברתית יתחזק. כך יילך וייווצר מצע הקרקע הפוריה לצמיחת החלופה.
החברה האנושית מטבעה משמרת את הקיים וחוששת משינויים, כל עוד זה נסבל. היא תבחר בחלופה אחרת רק כאשר היא ממש מואסת בקיים! אותו הקיים: שלטון הדת הנוצרית שיצר סימביוזה בין עוצמה דתית ממסדית כלכלית משולבת בשלטון מלוכני של אליטות שעניינן הוא בשליטה, בהשפעה, בעוצמה ובעושר הפרטי. אלה ואלה הבינו את התועלת שבתמיכה הדדית.
ההלם המשמעותי שגרם לדפורמציה במבנה המוצק הזה, היה כנראה ניצחון המוסלמים וחיסול המדינה הצלבנית בארץ הקודש. תהליך "היסדקות הסכר" מתחיל בהדרגה לאחר מכן, כאשר המערכת הממסדית, שמטרתה הבסיסית היא משילות, הולכת ומסתאבת, והמטרה מומרת לרצון לשלוט וליהנות מהכוח כשהרוח והאידיאה מוכפפים ומותאמים לשירות השליטה.
כשהצביעות גוברת ומעמיקה, השכנוע הפנימי הולך ופוחת. אלה הסדקים ההולכים, מעמיקים ומתרבים במבנה הקיים ומערערים את קשיחותו. בשלבים אלה גדלה השפעת חלופות ורעיונות חדשים. הם רוחשים מתחת לפני השטח, הם בשלב זה חתרניים נסתרים, אך הם מעמיקים ומנצלים את אי-הנחת ואת הסלידה הגוברת מהקיים כ"קרקע פוריה לגידול".
כאן טמונים להם מעמיקים ומשתרגים שורשי השינויים המתהווים בחברה. כשרואים את כתמי הרטיבות בפניו של הסכר, זה כבר סימן ברור על הסכנה ליציבותו. מכאן, "המלחמה כבר אבודה". הניסיונות להחרים, לנדות ולהפחיד, משולים למריחת חומר איטום על הסדקים מבחוץ. "קריסת הסכר, שחרור לחץ המים לכדי התפרצות ושיטפון" זה מעתה רק שאלה של זמן.
עבודת המחקר הזאת, עיסוקה באותם כתמי רטיבות נראים, באותם ה"ניצנים הפורצים לאחר שהזרע שנטמן והעמיק שורשיו". מחקר זה אינו דן ואינו מנתח באמת את שורשי "צמח החילון". אינו בוחן את "הסדקים הבראשיתיים" שמעידים על "עייפות החומר" במבנה הסכר האוחז את החברה הקיימת.
החילון תקף ופרץ את הסכר והאגם שצף, לא מפני שהחילון היה איזה רעיון אדיר ומהפכני שובה-לב ועין, שלא ניתן לעמוד בפניו. אלא קודם לכל, משום שהסכר עצמו התיישן, לא תוחזק נכון ובזמן, ועורער על-ידי טיפשותם ועיוורונם של אלה שהופקדו על שמירתו.
החילון היהודי כשלעצמו, אינו מהווה "התגלות" ייחודית כפי שהייתה הנצרות בראשיתה. הוא בא בעקבות ובהשפעת התהליך שהתרחש בנצרות. היהדות שהתפתחה באירופה מהמאה הרביעית חדלה להיות יישות דתית עצמאית ובלתי תלויה. היא מתפתחת בצילה המאיים של הנצרות ההולך ומתעצם, ומתוך מגמה סותרת להיות קשורה אליה וגם להתבדל ממנה. הבריחה מהיהדות כדת וכממסד המשיכה את אותה היצמדות לחברה החיצונית. היהדות מתמצבת כ"אחות מפגרת" לנצרות.
הדמויות המרכזיות שסיפקו לעולם הנוצרי את שורשי החלופה לקיים, כמו קופרניקוס, גלילאו, מגלן ומאוחר יותר ניוטון, וולטר, דארווין והוגים אחרים, באופן בולט, לא היו יהודים! להוציא אולי את שפינוזה. מה שמעיד על עצם האטימה והחסימה המחשבתית החופשית, שייצר סכר הדת היהודית. פריצת ההוגים והמדענים היהודים אל התודעה, אירעה כפועל יוצא של תהליך החילון שעברה החברה היהודית באירופה. מציאות קיומה היומיומי המתמשך של כל קהילה יהודית כחברה מסוגרת, הוכרה אומנם על-ידי החברה הנוצרית, אבל ההסתגרות לא הייתה מנותקת, והושפעה ממה שהתרחש סביבה.
לכן, שורשי החילון היהודי, ש"ינקו משורשי" החברה הנוצרית, התאחרו אומנם לפשוט ולהעמיק בקרקע החברתית היהודית, אבל ניתן וצריך לאתרם עוד קודם ל"התפרצותו המוארת" של שפינוזה ו"הכופרים האחרים" בני תקופתו. ואפשר גם כאן, להצביע על תופעת שבתאי צבי והשפעתה העצומה, כעל "שוק מזעזע-סכר" שהתרחש, כמענה לצורך לחסך לחלל שהתהווה בחברה היהודית הקיימת.
מה שמציג פיינר במחקרו, זה לא הסיבות למהפך, אלא רק הניצנים הראשוניים הגלויים של תוצאתו.