ברקע השקתו של פרויקט הרכבת הקלה בירושלים - מתקרבות המדינה והזכיינית, קבוצת סיטיפס, להסכם באשר לסוגיות הפיננסיות הכרוכות בהפעלה. זאת, תחת ההבנה כי הפעלה חלקית בלבד של הפרויקט תגרור בהתאם עמידה חלקית של המדינה בתשלומים הקבועים בהסכם הזיכיון.
עיקר המשא-ומתן שנוהל בין הצדדים בימים האחרונים התמקד בתשלום המענק האחרון באבני הדרך של הפרויקט (PP8). מדובר במענק ההקמה שנדרשת המדינה להעביר לידי הזכיינית עם הפעלתו המסחרית של הפרויקט. לטענת סיטיפס, אמור היה המענק להסתכם ב-620 מיליון שקל. לפי ההסכם המתגבש, תעביר המדינה לידי סיטיפס סכום של 200-250 מיליון שקל מתוך המענק. זאת, כשהיתרה תשולם לזכיינית בהדרגה לאורך החודשים הקרובים - עד ההפעלה המסחרית המלאה של הרכבות הקלות.
עקב אי השלמת העבודות בפרויקט, וליקויי בטיחות והנדסה שונים שעדיין לא תוקנו בידי סיטיפס, אישר איגוד הבטיחות האירופי של הרכבות הקלות (ISA) הפעלה של 14 מבין 23 הרכבות בפרויקט, במרווחי זמן של 12 דקות - במקום 5 דקות. משום הפעלתו החלקית של הפרויקט, סירבה המדינה לראות בהפעלה הנוכחית "הפעלה מסחרית" (כהגדרתה בהסכם הזיכיון). לפיכך, הוארכה תקופת הפעלת הניסיון של הפרויקט - ושני הצדדים התכנסו כדי לדון במשמעות מציאות זו על סדרי התשלומים לזכיינית. הסדר שכזה נועד מחד להקל פיננסית על השותפות בזכיינית, ולרפות את הלחץ שהפעילו עליה הבנקים המלווים את הפרויקט (לאומי והפועלים). מאידך, נועד לוודא כי לא תבוצע הזרמת מלוא כספי המענק לזכיינית בטרם השלימה את עבודות ההקמה.
לפי הערכות, מסירת הפרויקט להפעלה מסחרית תתאפשר בתוך 12-16 שבועות. זאת, בעיקר לאחר שתושלם עבודת התכנות של 60 הרמזורים לאורך תוואי הפרויקט - כך שיאפשרו מתן עדיפות לרכבת בצמתי העיר. עד כה תכנתה סיטיפס כ-20 רמזורים - כשקצב התכנות הוא חמישה רמזורים בשבוע.
פרויקט הרכבת הקלה הוקם בשיטת B.O.T, שבה הזכיין מקים את הפרויקט, מממן ומפעיל אותו למשך תקופת זיכיון (25 שנה), תמורת גביית תשלום מהנוסעים - ומענק הקמה ממשלתי בגובה 1.4 מיליארד שקל. סיטיפס גייסה מהבנקים 280 מיליון יורו בהלוואה לטווח קצר ו-100 מיליון דולר בהלוואה לטווח ארוך, מכיוון שמענק המדינה אמור היה להינתן באופן מדורג בהתאם לאבני הדרך שנקבעו בהסכם הזיכיון לאורך ההקמה.
כרטיס אחיד לאוטובוס ולרכבת ב-6.40 שקלים סוגייה נוספת שעמדה על הפרק הייתה המצוקה התזרימית שאליה עשויה הייתה סיטיפס להיקלע עם הפעלת הרכבות בחינם. משום כישלון מערכת הכרטוס שאמורה הייתה להפעיל חברת אלסטום, אלצה סיטיפס לאפשר נסיעה בלא תשלום למשך שבועיים לפחות. זאת, כשאי-ההכרה בהפעלה כמסחרית מונעת מהמדינה להעמיד לטובת סיטיפס את "רשת הביטחון", שנועדה לכסות את ההפרש שבין מודל ההכנסות הצפוי מהפרויקט - להכנסות בפועל.
בסיטיפס מקווים כי הטמעת מערכת הגבייה תושלם בשבועות הקרובים. ואולם גם בתום תקופה זו, תחל כנראה גביית תשלום סמלי בלבד מהנוסעים - בגובה 2 שקלים בלבד. לפי הערכות, עלות הפעלת הרכבות החודשית מסתכמת בכ-10 מיליון שקל. לפיכך, הוסכם כי המדינה תסייע לסיטיפס בנשיאה חלקית בעלות ההפעלה, שתגולם בכיסוי 2-3 מיליון שקל לחודש.
באשר לסוגיית תמחור הנסיעה ברכבת בתקופת הזיכיון, הסכימה המדינה להצעה לאחד את מחירי הכרטיסים השונים שתציע סיטיפס לכדי כרטיס משולב אוטובוס ורכבת במחיר נסיעה עירונית (6.40 שקלים). כרטיס זה יאפשר מעבר חופשי בין אמצעי התחבורה למשך 90 דקות. לפי הסכם הזיכיון, מחיר נסיעה בודדת ברכבת אמור היה לעלות 5.60 שקלים (לאחר הצמדות) - ואילו כרטיס משולב (רכבת + אוטובוס) אמור לעלות 7.80 שקלים. ואולם הסרבול הגלום בכך לזכיינית ולנוסעים שיכנע כי יש לאחד את התעריף עם זה הנהוג בתחבורה הציבורית באוטובוסים.
במקביל, יובטח מתן הטבות לאוכלוסיית הזכאים (גמלאים, ילדים וסטודנטים), כנהוג בתחבורה הציבורית. מחירו של חופשי-חודשי יסתכם בכ-230 שקל. מנגנון הפיצוי בגין הגבייה החסרה ייקבע באבני דרך לאורך תקופת הפרויקט, בהתאם להתפלגות הנסיעות ברכבת. ואולם, לפי הערכות, מספר העוברים בין אמצעי התחבורה יהיה גבוה מהותית מאלה שיסתפקו בנסיעה ברכבת הקלה בלבד. לפיכך, צפויה המדינה להידרש למעשה לסבסוד המדיניות התעריפית החדשה בסכום של כ-15 מיליון שקל מדי שנה.
