הקו כולו יפעל במנהרה תת-קרקעית שלא תפריע לתנועה בעיר, ויכלול בניית שתי תחנות-על חדשות: ירושלים-מרכז וירושלים החאן. המיזם מקודם בשיתוף עיריית ירושלים וצוות תוכנית אב לתחבורה. התחנות החדשות יעוצבו כמיצגים סביבתיים המאפיינים את מרקם החיים בירושלים. עם סיומו, תתאפשר הפעלה של 13 רכבות בכל שעה לכל כיוון, שתסענה כ-20 אלף נוסעים מדי שעה.
התחנה הראשונה שתיפתח היא תחנת ירושלים-מרכז, בסמוך לצומת הרחובות המלך ג'ורג ויפו. התחנות יתממשקו עם קווי התחבורה הציבורית במרכז העיר ועם שני קווי הרכבת הקלה - הקו האדום הקיים והקו הכחול המתוכנן לפעול עוד לפני סוף העשור.
תחנת ירושלים-מרכז תאפשר לנוסעים המגיעים מחוץ לעיר ברכבת להמשיך ישירות למרכז העיר ירושלים, ללא צורך ביציאה מתחנת יצחק נבון ומעבר לרכבת הקלה או לאוטובוס, ולהגיע בתוך דקות ספורות למרכזי העסקים ואזורי הבילוי של שוק מחנה יהודה ורחוב יפו, ולשכונת
מאה שערים, כיכר הדווידקה ולעיר העתיקה והכותל המערבי.