רכבת נוסעים נסעה במהלך השבת האחרונה באזור תחנת הרכבת פאתי מודיעין - כך נודע ל-News1. מלבד צוות הרכבת, לא היו נוסעים ברכבת אך מדובר בהפרה בוטה של הסטטוס-קוו, ואולי אף של דיני העבודה. האירוע התרחש (שבת, 27.7.24) בסביבות השעה 17:30, כשלוש שעות לפני צאת השבת. לאירוע היו עדי ראייה רבים מקרב תושבי מודיעין. אירוע דומה, שבו קטר הסיע מערך שלם של רכבת דו-קומתית עם שמונה קרונות, התרחש באוקטובר 2015. זרוע העבודה במשרד הכלכלה, שנתנה בזמנה את ההיתר ציינה כי לרכבת יש היתר להעסקת נהגים לביצוע 'פתיחת ציר', קרי נסיעת רכבת ביום המנוחה השבועי על כל המסילות כדי לוודא שאלו לא נפגעו ואין עליהן מפגעים. כלומר, אך ורק לצורך סריקה ביטחונית ובטיחותית. אולם אז, התקיימה הנסיעה לפני שנחקק חוק שימנע אירועים מעין אלה. בדצמבר 2017, בעקבות משבר עבודות הרכבת בשבת, הוכנס לספר החוקים תיקון לחוק שעות עבודה ומנוחה, שלפיו על-מנת לצמצם את חילול השבת. על-פי התיקון לחוק, בבואו ליתן היתר העסקה במנוחה השבועית, חייב שר הכלכלה להתחשב בין היתר במסורת ישראל ובהשפעה שיש במתן ההיתר על אופי המרחב הציבורי שבו תתבצע העבודה שלגביה מתבקש ההיתר. כלומר, החוק החדש אינו מאפשר סריקה של המסילה באמצעות מערך קרונות שלם, ומאפשר אותו רק באמצעות קטר אחד. נסיעות פתיחת ציר נערכות עם אור אחרון, בשעות הדמדומים של הערב בסמוך לצאת השבת, כך שלא ברור לאיזו מטרה בוצעה הנסיעה בפאתי מודיעין, שכאמור התקיימה כשלוש שעות לפני צאת השבת, והאם קיבלה החברה היתר לכך. ברכבת ישראל מסרבים לספק פרטים על אופי הנסיעה. דובר רכבת ישראל סירב להגיב ומסר כי הוא "לא מגיב בנושא שבת". גם לשכתו של שר הכלכלה והתעשיה ניר ברקת, שהתבקשה לתת תשובות האם קיבלה רכבת ישראל היתר, לא השיבה לפניית News1 בנושא. ייתכן שהדבר נובע מחשש שיתברר כי זרוע העבודה הכפופה לשר פעלה בניגוד לחוק כאשר נתנה את ההיתר. בחודש ינואר 2023, הושג סיכום בעל-פה, שנחשף ב-News1, לפיו קודם להגשת בקשות מצד רכבת ישראל למשרד הכלכלה לבקש עבודות בשבת, תידרש שרת התחבורה מירי רגב לוודא את חיוניות העבודות. מדובר למעשה בנוהג שהיה קיים לפני כמה עשרות שנים, שבו תנאי מקדים לבחינת עבודות בשבת אותן מבקש גוף ציבורי או ממשלתי, היה אישור הבקשה מצד גורם בכיר במשרד הממשלתי שמבקש את ביצוע העבודה בשבת. בהסכם הקואליציוני שחתם הליכוד עם יהדות התורה, שבה חבר גם סגן שרת התחבורה אורי מקלב, נכתב כי "נציג הרבנות הראשית ישתתף באופן קבוע בוועדה למתן היתרי עבודה בשבת ובכל פרויקט לאומי ממשלתי בנוגע לקיום השבת וההלכה היהודית". סעיף זה בהסכם הוא אות מתה, שכן לא קיימת כל ועדה לבחינת ההיתרים, ודובר שר הכלכלה ניר ברקת מסר כי גם ועדת ההסכמות שעליה דיבר נציג משרד התחבורה כלל אינה קיימת. גם ברבנות הראשית לישראל אומרים כי אף נציג מטעם הרבנות אינו יושב בוועדה שכזו - שכלל אינה מוכרת להם. משרד התחבורה והבטיחות בדרכים אינו מכחיש כי הרכבת נסעה בשבת בפאתי מודיעין: "הרכבת לא פועלת מסחרית בשבת ואיננה מעניקה שירות. כל פעילות אחרת, ככל שמבוצעת, מקבלת את כלל האישורים הנדרשים מראש". במשרד לא הסבירו מי נתן את האישורים ואיזה צורך היה בהפעלת מערך שלם של קרונות, אירוע שכמותו לא התרחש כאמור בתשע השנים האחרונות.