בדוברות משרד התחבורה ניסו לטעון תחילה כי ההנחיה חלה רק לגבי אוטובוסים עירוניים. לאחר שהתחוור כי ההנחיה מתייחסת לכל סוגי הקווים, טענו שמדובר בניסוי ("פיילוט"). אלא שבניגוד לניסוי רגיל הכולל מקצת קווי החברה, בדומה לקו שאותו הזכיר לנדאו בצפון הארץ, כאן מדובר בכל הקווים הבין-עירוניים ברחבי הארץ. כמו-כן, מועד הניסוי לא נקצב בזמן, לא נקבעו לו מדדי הצלחה כלשהם, ואיש לא שינה את ההנחיה באופן שהדבר יהיה מותר. נראה כי מדובר בתשובה שועדה להכשיר בדיעבד את המעשה, רק לאחר שלמשרד התחוור כי הדבר מנוגד להנחיה שפרסם. נעה אבירם, מנהלת אגף רישוי ותפעול במשרד התחבורה, מבהירה מנגד שלא מדובר בניסוי אלא במהלך שנועד לייצר סביבה שתצמצם את התופעה המתגברת של התחמקות מתשלום, וההנחיה לא השתנתה משום שההיתר ניתן רק לאגד. כתב News1 מציין כי חלק ניכר מן הקווים הבין-עירוניים מופעל בידי אגד. לדבריה, ההחלטה האם להרחיב את המהלך גם ליתר המפעילים ייבחן לפי שני מדדים - צמצום תופעת אי-התיקוף ומשך קליטת הנוסעים בעלייה לאוטובוסים.

לאחרונה מתרבים הדיווחים והטענות מצד נוסעים ונהגי אגד על כך שפקחים של אגד מתעמרים בנוסעים ובנהגים באמצעות עיכוב אוטובוסים לצורך בידוק כרטיסי הנוסעים או בגלל נוסעים שלא משלמים, ועל כך שעולים יותר משני פקחים לאוטובוס, ובמקרים מסוימים אפילו חמישה או שישה פקחים! משרד התחבורה אינו מגביל את מספר הפקחים שניתן להעלות לאוטובוס אחד, ונותן למפעילי התחבורה הציבורית יד חופשית לעשות כרצונם תוך יצירת הרתעה מאיימת כלפי כלל הנוסעים. גורם באגד אמר ל-News1 כי בעבר ההנחיה הפנימית הייתה שמספר הפקחים יהיה כמספר הדלתות באוטובוס וזאת כדי למנוע מנוסעים שלא שילמו לברוח מהדלתות. הוא לא ידע להסביר מדוע הוגדל מספר הפקחים, ולא אישש אמירות מצד פקחים של אגד על כך שהם מתוגמלים באמצעות בונוסים לפי מספר הדוחות שהם רושמים.

הסבר לכך ניתן אולי למצוא באופן שבו מחולקים כספי הקנסות, "תעריף מוגדל" בשפה המקצועית. התעריף המוגדל שגובה אגד נותר ברשותה בניכוי 8% שמועברים לממשלה. כך נוצר מצב יד רוחצת יד, שממנו נהנים גם המפעיל וגם משרד התחבורה. לשניהם יש אינטרס בהטלת מספר גבוה של קנסות. ל-News1 נודע כי בחודש אפריל לבדו רשמה אגד 19,000 דוחות! כאמור, סמנכ"ל מינהל באגד אומנם טוען ל"אחוזי אי-תיקוף גבוהים יותר אל מול השימוש ברב-קו", אך כאשר הוא מתבקש לפרט ולהשיב מה השיעור המוערך של נוסעים שאינם משלמים, בחלוקה לפי קווים עירוניים ובין-עירוניים, הוא אינו עונה. באגד גם לא מסבירים, האם בעצם מה שנאמר הוא שהכנסת היישומונים לשימוש היא זו שהגדילה את אי-התיקוף ולא משיבים לשאלה - האם במקביל חל גידול גם בנוסעים שלא מתקפים ברב-קו.

סוגיה נוספת של התעמרות לכאורה של אגד כלפי נוסעיה נוגעת לעיכוב אוטובוסים כדי לבדוק האם נוסעים, ובמקרים מסוימים אף עצרו אוטובוסים בין-עירוניים בתחנות לא-מאושרות לצורך בידוק. אגד ידעה שעיכוב האוטובוס אסור, ולמרות זאת התקבלו תלונות מצד נוסעים על כך שהחברה משיכה לעכב אוטובוסים. רק לאחרונה, ב-23 במאי, הוציאה הרשות הארצית לתחבורה ציבורית ריענון הנחיות שבו נדרשה אגד להפסיק הנוהג הלא חוקי. ניר לנדאו, סמנכ"ל מינהל באגד, מסר ל-News1: "על-פי ההנחיות, כאשר נוסע מסרב להזדהות, בחלק מהמקרים מתבקש הנהג להתעכב, בין היתר כדי להזמין משטרה שכן בפני שוטר יש חובה להזדהות. כולי תקווה כי משרד התחבורה ישנה את מעמדם של המבקרים באוטובוסים וישווה אותו מעמדם לזה של המבקרים ברכבות שבפניהם חלה חובת זיהוי". משרד התחבורה לא נקט כנגד אגד צעדים בעקבות הפרות אלה. מדוברות המשרד נמסר: "הנחיית משרד התחבורה היא, כי אין לעכב את האוטובוס לשם בדיקת תיקוף. עם זאת, במקרים בהם נוסעים מתנגדים לבדיקה, נדרש הנהג לעיכוב האוטובוס, עד השלמת הבדיקה כנדרש. נוסע הנתקל במקרה בו הפקח מעכב את הנסיעה לצורך בדיקת תיקוף, רשאי להגיש תלונה באתר המשרד". אולם, בדיקת News1 מעלה כי תשובת משרד התחבורה חוטאת לאמת ולא קיימת סמכות חוקית לעיכוב האוטובוס שלא על-ידי שוטר. בנהלי המשרד נכתב מפורשות כיצד לנהוג כאשר נוסע מתנגד לבדיקה, והסמכויות אינן כוללות עיכוב האוטובוס על כל נוסעיו. בהנחיות נכתב: "לא הציג או לא מסר הנוסע את כרטיסו לפי דרישה, או נוסע ללא כרטיס, רשאי נציג בעל הרישיון לדרוש מהנוסע את שמו ומענו ולהציג לפניו את תעודת זהות שלו או תעודה מזהה אחרת של הנוסע... במקרים בהם נתקל נציג בעל הרישיון באירוע חריג כגון: התנגדות פיזית למסירת כרטיס הנסיעה או במקרה בו סרב הנוסע להזדהות או במקרה בו חש נציג בעל הרישיון מאוים, ידווח על המקרה מיד לסדרן, למנהל האשכול ולמשטרת ישראל במידת הצורך". יתרה מכך, תקנות התעבורה אף קובעות כי "רשאי הנהג להסיע מיד את האוטובוס לתחנת המשטרה הקרובה". בניגוד לתשובת משרד התחבורה - על-פי ההנחיות, כאשר נוסע מסרב להזדהות, מי שיכול לבקש מהנהג להתעכב זה שוטר ולא פקח. מתן סמכות לעכב אוטובוס גובל בחוצפה כלפי הכנסת, שכן בעבר ניסה משרד לקדם הצעת חוק ממשלתית שבה הוצע "להסמיך את נציג בעל הרישיון לדרוש מנוסע שלכאורה עבר על חובותיו בענייני הכרטוס להזדהות, להרחיקו מהמקום ואם סרב לאחד מאלה - לעכבו עד לבוא שוטר". אך הכנסת לא קידמה את העברת הסמכויות האמורות לפקחים, ומשכך אין לפקחים רשות לעכב נוסע שאינו משלם וקל וחומר את יתר הנוסעים ששילמו. מנהלת אגף רישוי ותפעול אישרה בשיחה עם News1 כי אכן אין סמכות חוקית לעיכוב, וביקשה להעביר אליה כל מקרה שבו נטען לחריגה מסוג זה.