בחודשים יולי-ספטמבר 2011, בעקבות ריבוי התלונות על איכות האוויר בתחנה המרכזית בירושלים, הציב המשרד להגנת הסביבה תחנת ניטור ניידת בשני מקומות המועדים לזיהום בתחנה: אזור עליית הנוסעים ל
אוטובוסים בקומה השלישית מתאריך 5.7.11 עד תאריך 4.8.11, ובאזור ירידת הנוסעים מהאוטובוסים, בקומת הקרקע מתאריך 5.8.11 עד תאריך 6.9.11. תוצאות הבדיקה והמדידה הצביעו על כך שברחבת עליית הנוסעים לאוטובוסים שבקומה השלישית וכן באזור הורדת הנוסעים בקומת הקרקע של התחנה, קיימים שיעורי זיהום גבוהים ביותר, והעידו גם על הימצאות חומרים מזהמים כגון תחמוצות חנקן וחלקיקים נשימים בריכוז גבוה בערכים גבוהים הרבה מעל התקן, העלולים לסכן בריאות-אדם ולגרום לתופעות לוואי.
בעקבות תוצאות חמורות אלה שפורסמו ב
דוח מיוחד שפרסם המשרד להגנת הסביבה בספטמבר 2011, חתום על-ידי ד"ר דפנה אלפר סימן-טוב - מרכזת נושא איכות אוויר במחוז ירושלים במשרד להגנת הסביבה, פרצה סערה תקשורתית ליום-יומיים וכלי התקשורת השונים זעקו על ההפקרות והפגיעה בבריאות הנוסעים והשוהים בתחנה. בדוח שורה של הנחיות מחייבות למפעילי התחנה לטיפול בבעיית זיהום האוויר במבנה. מנהלי התחנה התבקשו, בין היתר, לדאוג להתקין מערכות מיזוג אוויר ומפוחים, ולהפעיל מערכות ניטור אוויר משוכללות, ולהקפיד לנעול את דלתות הזכוכית המפרידות בין ספסלי ההמתנה של הנוסעים בתוך המבנה (הקניון) לבין רחבת העלייה לאוטובוסים ולפתוח אותן רק בעת עליית הנוסעים לאוטובוסים, וליצור באופן מיידי הפרדה מוחלטת בין רציפי העלייה לאוטובוסים, בהם נמדד הזיהום החריג, ובין אזור הנוסעים הסגור (הקניון). המשרד אף איים כי ינקוט צעדים משפטיים כנגד מפעילי התחנה אם לא יעשו כן.
ואכן, מיד לאחר פרסום הדוח ופרוץ הסערה התקשורתית הורו מפעילי התחנה לנעול דלתות הזכוכית בקומה השלישית, והנוסעים לא הורשו להמתין ברחבת העלייה שמחוץ למבנה הסגור. על הדלתות הודבקו מודעות גדולות בנוסח הבא: "אין לצאת מדלת הטרמינל עד לפתיחת דלת האוטובוס - וזאת על-מנת להימנע מחשיפה לזיהום אוויר חריג". סדרנים פיקחו והשגיחו שהנוסעים יצאו מבעד לדלתות בדרכם לעלות לאוטובוס רק כשהאוטובוס הגיע כדי לצמצם החשיפה לזיהום.