בשיטה החדשה, המיועדת רק לבעלי טלפונים חכמים, הנוסעים אומנם מדלגים על המכונות ואינם נדרשים להנפיק כרטיסי נייר, אך כאשר הם מגיעים לאוטובוס עליהם לעבור משוכה לא קלה. הם ממתינים בתורים ארוכים בכניסה לנהגים, מציגים בפניהם ברקוד מהטלפונים שלהם, שאותו מתקפים הנהגים באמצעות הטלפונים האישיים שלהם. אולם בניגוד לשיטה הישנה, שבה היה ברור לנוסע לאיזה מן האוטובוסים בתחנה הוא עולה, השיטה החדשה גורמת לבלבול. בקווי אילת, שבימי שגרה זוכים לביקוש גבוה, ממתינים ברציפים שני אוטובוסים לאותו היעד, וימי ראשון וסופי-שבוע שלושה ואף יותר. בעוד שבכרטיס הנייר היה רשום לנוסע לאיזה מן האוטובוסים היה עליו לעלות, בשיטה החדשה מצויין מספר האוטובוס, אך הנוסעים אינם פותחים מבעוד מועד את הקישור, וכך קורה שחלקם ממתינים דקות ארוכות בתור לאוטובוס מסוים, וכאשר הם מגיעים סוף-סוף לנהג, מתברר להם שעליהם לעלות לאוטובוס אחר. זאת ועוד, בשיטה החדשה, נוסע שהקדים להגיע לתחנה או איחר בכמה דקות, אינו מורשה לעלות לאוטובוס אחר באותו היעד משום שבשיטה הדיגיטלית לא קיימת הגמישות התפעולית שהייתה קיימת בשיטת כרטיסי הנייר. נוסע יכול לשריין לעצמו מקום רק באוטובוס אחד, ואם הוא מעוניין לשנות אוטובוס עליו לשלם שוב מחיר מלא של כרטיס או לחלופין להתקשר למוקד השירות הטלפוני של אגד ולבקש שיחליפו לו את הכרטיס. מדובר בתהליך ארוך, והנהגים שצריכים לצאת לדרך אינם יכולים להמתין לנוסעים עד שישלימו אותו, ונוסעים נאלצים להישאר בתחנה כי האוטובוסים יוצאים לדרכם. הבעיה מחריפה שבעתיים לגבי נוסעים אולם בתחנות הביניים – תחנות שאינן תחנת המוצא. כך למשל, נוסעת שממתינה לאוטובוס בצומת מישור אדומים או בכביש הערבה עשויה למצוא עצמה עולה לאוטובוס, ולקבל הודעה מהנהג שעלייתה סורבה משום ששמה אינו מופיע ברשימת הנוסעים. במקרה שכזה, תיאלץ הנוסעת לרדת מן האוטובוס ולהמתין בשמש הקופחת או בגשם שוטף דקות ארוכות עד להגעת האוטובוס "שלה".

באגד מתייחסים לשינוי ואומרים כי עבור נהגים מדובר בתהליך "פשוט, קל ומהיר". אולם בפועל, נהגי החברה אומרים שהכוונות אולי טובות, אך התוצאה הפוכה – והשיטה החדשה רק מאריכה את משך קליטת הנוסעים (זמן ההמתנה לעלייה לאוטובוס) בעד כמעט פי שניים מאשר השיטה הקודמת, ולוויכוחים מול נוסעים שהגיעו לאוטובוסים ולנסיעות שלא שוריינו עבורם, משום שהשיטה החדשה אינה מאפשרת התניידות בין נסיעות, כאמור. נהגי אגד בקווים הבין-עירוניים הארוכים גם מלינים על כך שלא קיבלו מהחברה מכשיר לתיקוף כרטיסים, והם נאלצים לבצע הכל ממכשירי הטלפון הניידים שלהם. לצורך כך הם גם נזקקים להחזיק טלפונים חכמים, ולהשתמש ברוחב הפס שלהם לקליטת אינטרנט – והכל על חשבונם. באגד אומרים בתגובה כי יישקל שיפוי לנהגים ומציינים כי מדובר בניסוי ("פיילוט") שנועד לבחון את המערכות ואת ישומון הנהג, אך לא מסבירים כיצד עולה השיטה החדשה בקנה אחד עם הנחיית החברה לנהגיה לאסור כל שימוש בטלפונים ניידים, לרבות בזמן קליטת הנוסעים. בחברת אגד אומרים כי אינם מכירים עיכובים לנוסעים בזמן העלייה לאוטובוס, אך כל נהגי אגד עימם שוחחנו אומרים את ההפך. ברשות הארצית לתחבורה ציבורית במשרד התחבורה אומרים כי אינם מכירים דיווחים על תורים ארוכים. "להפך, משרדנו קיבל דיווחים חיוביים מהשטח, הן מצד הנהגים והן מצד הנוסעים על אופן קליטת הנוסעים", נמסר בתגובת המשרד.

לשאלת News1, מדוע מאפשרת הרשות הארצית לתחבורה ציבורית לחברה לדרוש מהנהגים להשתמש בטלפונים הניידים האישיים שלהם, ואינה מחייבת אותה לספק להם מכשירי תיקוף, ענו במשרד התחבורה בתשובה מתחמקת שאינה עונה לשאלה: "המערכת מאפשרת הזמנת מקום מראש ושמירת המושב לנוסעים (ללא תיקוף נסיעה). המערכת הינה באחריות חברת אגד ואינה קשורה לתיקוף הנסיעה, אלא לניהול ההזמנות, על-מנת לוודא שאכן הנוסע הזמין מקום מראש ומקומו נשמר. המדיניות המוצהרת של משרד התחבורה והשרה מירי רגב בנושא גביית תשלום מהנוסע היא להוריד את הנושא מכתפיו של הנהג ולאפשר לו להתעסק אך ורק בנהיגה. על השאלה, מדוע מאפשרת הרשות לאגד להחזיר את המצב לאחור ולעבור מגבייה מכנית למצב שבו נהגים משתמשים בטלפונים האישיים שלהם לצורך גבייה דיגיטלית, השיבו במשרד כי "המערכת אינה מבצעת גבייה, אלא מוודאה שהנוסע שהגיע לנסיעה אכן הזמין מקום מראש". בתגובת משרד התחבורה קיימת סתירה, שכן מצד אחד הוא טוען שמדובר רק במערכת הזמנת נסיעות, אך בהמשך נאלץ להודות שמדובר גם במערכת תיקוף ומציין כי "המערכת החדשה מהווה מעבר מכרטיס נייר לכרטיס דיגיטלי, דבר שחוסך מהנוסעים את הדפסת הכרטיסים וכן קבלת כרטיס דיגיטלי ישירות לנייד בסיום ההזמנה". לשאלתנו מדוע ההסדר החדש מונע מנהגי אגד שאינם מחזיקים טלפון חכם (עם גלישת אינטרנט) מלהשתבץ בקווים בהם קיימת הזמנה של כרטיסי נסיעה, השיבו במשרד התחבורה כי "קיימת אפשרות להשתבץ לקווים בהם קיימת הזמנה של כרטיסי נסיעה גם ללא טלפון חכם. הנהג יכול להדפיס רשימת נוסעים לפני צאתו לדרך ולסמן ידנית את העולים". נהגי אגד בקווים המדוברים אומרים שמדובר בשקר גס, ובניגוד לנאמר לא קיימת האפשרות להשתבץ בקווים כאמור.