למרות המחסור בכוח אדם ולמרות גיוס נרחב של מאבטחים למילואים - רכבת ישראל הצליחה לחדש (יום ד', 25.6.25) את פעילותה ברוב תחנות הרכבת ברחבי הארץ. כ־700 מעובדי החברה, מתוכם כ־250 אנשי אבטחה החיוניים להפעלת התחנות, גויסו במסגרת המאמץ הלאומי. למרות זאת, הצליחה רכבת ישראל להפעיל מחדש 52 מתוך 67 תחנות - כלומר 77 אחוזים מהתחנות. בין הקווים ששבו לפעולה היום נכללים גם הקווים הארוכים יותר: כרמיאל-באר שבע ובית שמש-נתניה. כמו-כן, שעות הפעילות הוארכו עד חצות (במקום 21:00), והתדירות בקווים המרכזיים עלתה לשתי רכבות בכל שעה - שיפור משמעותי לעומת המצב במהלך השבועות הקודמים. תחנות שעדיין סגורות כוללות את: אחיהוד, עתלית, צומת חולון, יבנה מזרח, רעננה דרום, קריית חיים, כפר יהושע, כפר ברוך, בת ים - הקוממיות, באר יעקב, דימונה, חוצות המפרץ, לוד - גני אביב, קריית מלאכי וראשון לציון - הראשונים. ברכבת ישראל מדגישים כי נעשים מאמצים להשבת פעילות התחנות הנותרות בהקדם האפשרי. ביום חמישי תיפתח הכניסה המזרחית לתחנת קיסריה-פרדס חנה, וביום ראשון יפתחו לתנועת נוסעים גם התחנות אחיהוד, יקנעם-כפר יהושע, באר יעקב, קריית מלאכי-יואב ועתלית. במקביל תתאפשר מחדש כניסת נוסעים במספר נקודות משנה: גשר מודעי (בתחנת תל אביב סבידור מרכז), הכניסה המזרחית לתחנת בית יהושע והכניסה המזרחית בתחנת נתניה. בעקבות הכרזת הפסקת האש, ירש ממוצע האיחורים היומי ל-3%, פי 10 פחות מאשר בימי המלחמה, לאחר שארבע רכבות בוטלו היום. ברכבת ישראל ממליצים לנוסעים להתעדכן מראש על תחנות פעילות דרך היישומון או אתר החברה, או באמצעות המוקד הטלפוני או הודעת ווטצאפ למספר 052-3273570. "אנחנו מתנצלים על אי-הנוחות ומודים לציבור על הסבלנות הרבה", נמסר מהרכבת.