ב-2.3.2008 פרסמה רשות החברות הממשלתיות חוזר מנכ"ל ובו קבעה כי "תקופת המינוי של המבקר הפנימי תעמוד על חמש שנים... כאשר מבקר פנימי המשמש בתפקידו חמש שנים יוכל להתמנות מחדש לתקופה נוספת שלא תעלה על חמש שנים נוספות, בכפוף לביצועה של בדיקת איכות הביקורת הפנימית, על-ידי גורם חיצוני שנבחר על-ידי הדירקטוריון, לאחר היוועצות עם ועדת הביקורת ובאישור הרשות.
מבקר פנימי לא יועסק לתקופה העולה על עשר שנים..."
מדיניות חדשה זו התבססה על דוח שהגישה בדצמבר 2006 הוועדה הציבורית לבחינת חוק הביקורת הפנימית, התשנ"ב-1992 בראשות השופט זיילר (להלן – "דוח זיילר") שמינתה שרת המשפטים. ועדה זו קיבלה, בין היתר, המלצה מעוררת מחלוקת לפיה יש להגביל את כהונתם של מבקרי פנים, זאת על בסיס הטענה כי "למשך כהונתו של מבקר פנימי (כמו של כל תפקיד אחר) בתפקידו יש השלכות נוגדות.., ככל שתקופת הכהונה מתארכת כן גדלה השחיקה, כן חסר הרענון וכן גדל הסיכון לקפיאה על השמרים."
חוזר מנכ"ל זה של רשות החברות הממשלתיות זכה לקיתונות של ביקורת מצד הנוגעים במקצוע, ואף הקים עליו את הוועדה לענייני ביקורת המדינה. בדיון מיוחד שזו קיימה בנושא ב-24.11.2009 העלו רוב הדוברים חשש לפגיעה הצפויה עקב כך למוסד הביקורת הפנימית. שנשאל לדעתו על כך בישיבה הבהיר
מבקר המדינה כי הוא מצדד בעצמאות מבקרי הפנים והסביר "אם למשל אבוא ואני אגיד או.קיי, מבקר פנים מכהן שנתיים ואפשר יהיה להאריך לו בעוד שנתיים אז אני בעצם גרמתי לכך שעצמאותו מוגבלת כתוצאה מכך". בסוף הדיון ביקשה הוועדה ממנכ"ל רשות החברות הממשלתיות להקפיא את החוזר.
הרעיון של הגבלת כהונת מבקרי פנים, כשהוא נשען על דוח של ועדה ציבורית שמונתה ע"י השר המופקד על חוק הביקורת הפנימית, קנה לו מעריצים, ומספר גופים נוספים, בהם
רשות השידור ומשרד הפנים, ניסו לכפות הגבלת כהונה, זאת ללא כל הצלחה. תפיסה זו, הבאה לכאורה להבטיח שאלה העוסקים בביקורת פנימית יהיו, בלשונו של דוח זיילר, "מטאטא חדש, שעיניהם צדה דברים ונושאים הראויים לטיפול, שעין קודמו כהתה מלהבחין בהם" זכה לחשדנות מצד המחוקקים, שמנעו גם ניסיון לעגן הגבלה זו בחוק ברשות השידור.
ובחזרה לרשות החברות הממשלתיות.
לאחר שמונה שנים שבהן חוזר המנכ"ל הנזכר לא נאכף, פרסמה ב-22.5.2014 הרשות לחברות הממשלתיות חוזר חדש הקובע, על בסיס אותן הנחות, בשינוי אחד, הפעם ללא אזכור דוח זיילר, כי "תקופת המינוי של המבקר הפנימי לא תיקצב. תבוטל כל קציבת כהונה שנעשתה למבקר הפנים לאחר פרסום חוזר 1/2008". דהיינו בשם אותו עקרון של חיזוק מבקר הפנים לא זו בלבד שרשות החברות הממשלתיות קובעת שלא תיקצב כהונתם, אלא שהיא מבטלת רטרואקטיבית כל מינוי שתקופתו נקצבה.
האם אקט זה של רשות החברות מעיד על היפוך מגמה? האם גם הפעם רשות החברות הממשלתיות תהווה מעין סנונית ראשונה המעידה על תפנית, כשם שבעשור הקודם היא הייתה הראשונה לאמץ את הרעיון של קציבת כהונה של מבקרי פנים? מוקדם מידי להשיב על שאלה זו, אך ללא ספק לא ניתן להתעלם מכך שכעשור לאחר פרסומו, מעמדו של דוח הוועדה הציבורית לבחינת חוק הביקורת הפנימית כמסמך מנחה נפגע.
ואולי לא נצטרך להמתין זמן רב כדי לבחון זאת. בדצמבר 2013 הגישה ועדת פרוקצ'יה את דוח הוועדה הציבורית לבחינת לשכת עורכי הדין, ובה היא המליצה, בין היתר, כי כהונתו של מבקר הפנים תוגבל ל 4 שנים. אם אכן לשכת עורכי הדין, כגוף סטטוטורי, תנקוט בדרך דומה לזו שאומצה ברשות החברות הממשלתיות, ותפעל לחזק את עצמאות מוסד מבקר הפנים ולא להגביל את כהונתו, יהווה הדבר אישוש לכך שירד הגולל על הניסיון הממשי ביותר שקם בשנים האחרונות לערער על עצמאותה של הביקורת הפנימית.