משרד הביטחון וצה"ל לא נערכו בהתאם למתכונת המצומצמת של שירות התחבורה הציבורית, ויצרו גודש בתחנות התחבורה הציבורית באופן שסיכן את הנוסעים. מערך ההסעים המיוחד לחיילים לקריית ההדרכה (עיר הבה"דים), "תופסים קו", לא הופעל חרף בקשות
משרד התחבורה וחיילים שהותרה חזרתם לבסיסיהם צבאו על התחבורה הציבורית.
כתוצאה מכך נוצר עומס בלתי נסבל בכמה מקומות, כשהבולט שבהם הוא התחנה המרכזית בירושלים, שבה חיילים שרצו לעלות ראשונים לאוטובוסים יצאו מרציפי ההמתנה לעבר מתחם הגעת האוטובוסים שהשהייה בו מסוכנת לנוכח זיהום האוויר מעשן האוטובוסים.
בשל הוראות משרד הבריאות המגבילות את מספר הנוסעים באוטובוס, והמחסור בנהגים ובאוטובוסים, לצד השבתת שירותי הרכבת, אין ביכולתה של מערכת התחבורה הציבורית לקלוט מספר כה רב של נוסעים בכל השבוע, ובפרט בשעות השיא של יום ראשון בבוקר. משרד הביטחון, שהיה מודע מראש לבעיה, לא חידש את פעילות מערך ההסעים הייעודי וגרם לקריסה. כמו-כן, בחלק מהאוטובוסים הועלה מספר נוסעים מעל המותר.
מדובר צה"ל נמסר: "החזרה לשימוש בתחבורה ציבורית תואמה עם משרד הביטחון והולמת את התנהלות המשק הלאומי והנחיות משרד הבריאות. ההסעים מפוזרים בין מספר רב של מוקדים, בחלוקה גאוגרפית, על-מנת למנוע התקהלויות".
תשובת הדובר אינה עולה בקנה אחד עם המציאות בשטח - התקהלויות שנגרמו כתוצאה מחיילים רבים שביקשו לעשות שימוש בתחבורה הציבורית. כך גם עולה מתשובת
הרשות הארצית לתחבורה ציבורית, שמסרה: "במסגרת הגבלת הנוסעים בתחבורה הציבורית ישנם עומסים בשעות השיא. לכן על-מנת למנוע עומסים מסוג זה בימי חזרת החיילים לבסיסים, הפעיל משרד הביטחון בשבועות האחרונים מערך הסעת לצה"ל". מתשובת הרשות עולה כי השבוע לא הופעל המערך, שאמור היה לדלל את מספר המשתמשים באוטובוסי התחבורה הציבורית.