משרד הבריאות אישר (יום ד', 13.5.20) את חידושה של תנועת הרכבות באופן הדרגתי, מיום ראשון הקרוב ה-17.5.20, כפי שביקש משרד התחבורה. אולם כעבור שעות ספורות בוטל האישור שניתן. את האישור נתן המשנה למנכ"ל איתמר גרוטו, אך מנכ"ל משרד הבריאות, משה בר סימן טוב, החליט לבטלו. במכתבו של בר סימן טוב למנכ"ל הרכבת מיכאל מייקסנר, נכתב כי האישור ניתן למודל ההפעלה ולא לתאריך. "חולה קורונה אחד שנוסע ברכבת יכול לגרום להדבקה של אנשים רבים ולהחזיר את מדינת ישראל שבועות אחורה במאבק מול התפשטות הנגיף", כתב מנכ"ל המשרד. "משום כך, יש להמתין עם חידוש תנועת הרכבות ולהיצמד ללוח הזמנים המקורי שנקבע על-ידי הממשלה. שר התחבורה בצלאל סמוטריץ׳ זעם על ההפכפכות ובר סימן טוב התנצל בפניו על אי-ההבנה שהייתה במשרד בתהליך אישור הנסיעה ברכבת. ממשרד הבריאות נמסר: "אנו עדיין לא בשלב בו ניתן לתת אישור להתקהלויות בהיקפים כל כך גדולים וצפופים. מקווים שהשיפור בנתוני התחלואה יימשך ונוכל לאפשר לרכבת לפעול". סמוטריץ' הודיע כי יפנה בעניין לראש הממשלה בנימין נתניהו על-מנת שיכריע. על-פי מתווה ההפעלה שאושר, מספר הנוסעים ברכבת לא יוגבל. הדגש יהיה על מספר המלצות לשמירה על בריאות הנוסעים. בשל היותה של הרכבת אמצעי הסעת המונים ייחודי ביחס אמצעי תחבורה אחרים, הכולל מספר קרונות עם יציאות וכניסות רבות, אשר עובר במספר רב של תחנות ביניים, לא ניתן לשלוט במספר הנוסעים והתקהלותם ברכבות וברציפים. בהתאם להנחיות משרד הבריאות, נוסעי הרכבת יידרשו לאחריות חברתית בדומה לכלל המקומות הציבוריים, הכוללים שמירה על ריחוק חברתי, עטיית מסיכה, הימנעות מנגיעות בפנים, התרחקות מנוסע עם תסמיני עיטוש או שיעול, הימנעות מהנחת ציוד אישי על משטחים ציבוריים (כגון שולחנות קרונות הרכבת), והימנעות מנסיעה במקרה של תסמיני מחלה. כמו-כן, מדגיש משרד הבריאות את הצורך בשטיפת ידיים עם סבון ברגע שהדבר מתאפשר. משרד הבריאות ממליץ לצמצם ככל הניתן מלגעת באופן ישיר במשטחים ציבוריים כגון סבסבות המעבר בין רציפים וביציאה מהתחנות ("דלת קרוסה"), עמודים ומעקות. כן מומלץ להימנע מאכילה ומשתייה בעת הנסיעה, להימנע משימוש בטלפון הסלולרי בזמן הנסיעה, ולהשתמש באלכוג'ל באופן תכוף, ובעיקר בעת הירידה מן הרכבת. רכבת ישראל תקיים הסברה בקרב הנוסעים להדגשת הוראות משרד הבריאות, ותפעיל מערך בידוק מוגבר בכניסות לתחנות. המאבטחים יבדקו חום, יתשאלו את הנוסעים, וכן יחייבו חבישת מסיכה וחיטוי ידיים. בניגוד לתוכנית הראשונית, תחנת פאתי מודיעין תיפתח, במרוץ לסיים את העבודות שם כחלק מחיבור מודיעין לקו המהיר ולראשל"צ. תחנת נתב"ג לא תיפתח לפי שעה וייתכן שההחלטה תשתנה בהמשך. כאמור - בינתיים לא תחודש פעילות הרכבת.