פחות מיממה לכניסת הסגר לתוקף, ובמשרד התחבורה עדיין לא פרסמו לציבור את מתווה הפעלת התחבורה הציבורית בימים הקרובים. הנימוק הרשמי הוא שהתקנות בעניין טרם נחתמו - מה שיוצא חוסר ודאות בקרב ציבור הנוסעים, כשלזה נוספות הודעות סותרות מטעם מפעילי התחבורה הציבורית.
עם זאת, בשידור פייסבוק שהעלתה (יום ה', 24.9.20) השרה מירי רגב, היא הציגה מתווה כללי המנוגד למדיניות המוצהרת של המשרד שלא להפעיל קווים שאינם חיוניים. רכבת ישראל והשירות הבין-עירוני באוטובוסים אומנם לא יפעלו בימים שישי עד שני, אך התחבורה הציבורית העירונית - שבסגר הראשון הושבתה כליל בסופי-השבוע - תפעל. כזכור, בסגר הראשון קבעו גורמי המקצוע ברשות הארצית לתחבורה ציבורית שקווים הפועלים בימי שישי ומוצאי שבת אינם משמשים לנסיעה למקומות חיוניים ונמנעו מהפעלתם.
בסגר הנוכחי, אם עוד איכשהו מתאפשר מיום שישי בבוקר עד השעה 14:00, מועד תחילת הסגר, להפעיל תחבורה ציבורית למקומות מסוימים, הרי שבמוצאי השבת וכך גם בערב כיפור ובמוצאי כיפור, אין שום הצדקה להפעילם, שכן הכל סגור. יתרה מכך, בקנה מידה תעבורתי מקצועי אין שום היגיון תפעולי בהפעלת תחבורה ציבורית למשך שעתיים בלבד.
אחד החששות הגדולים הוא כי במוצאי כיפור יהיה ביקוש רב לקווים העירוניים, בעיקר מצד בני ישיבה ששהו מתחילת חודש אלול בישיבות, ומוחזרים אליהם באוטובוסים פרטיים. החשש הוא שהתלמידים יירדו מהאוטובוס בנקודות פיזור מרכזיות, אך כדי להגיע עד בתיהם ישתמשו בתחבורה הציבורית העירונית שהתיר משרד התחבורה.
למעשה, הממשלה מדברת בשני קולות: ביד אחת מטילה הגבלות כדי לבלום את התחלואה ומאפשרת צרכים חיוניים בלבד, וביד השנייה מאפשרת תחבורה ציבורית לא-חיונית שיש בה כדי להגדיל את התחלואה.