בעקבות החלטת הממשלה על סגר כללי, הודיע משרד התחבורה למפעילי התחבורה הציבורית כי מיום שלישי בבוקר (29.9.20), למחרת יום הכיפורים, התחבורה הציבורית בכל הארץ תפעל במתכונת מצומצמת מנפח הפעילות הרגיל שלה. כפי שדווח ב-News1, בניגוד למדיניות המוצהרת לפיה התחבורה הציבורית תספק שירות הכרחי לעובדים חיוניים, צורכי הצטיידות והגעה למרכזים רפואיים, יופעלו גם קווים לא-חיוניים. במסגרת דיונים שנערכו ברשות הארצית לתחבורה ציבורית, הוחלט לצמצם את פעילות התחבורה הציבורית באוטובוסים למינימום של 25%, בדומה למתכונת שפעלה בתחילת הסגר הראשון, בתחילת חודש אפריל. בכל האמצעים תעמוד התפוסה על 50% מהקיבולת המותרת ברשיון הרכב, ולאורך כל שעות הפעילות. לא תתאפשר ישיבה בשורה שמאחורי הנהג, פרט לאוטובוסים שבהם כבר הותקנו מחיצות. בעקבות צמצום נפח הפעילות של התחבורה הציבורית, השירות העירוני ימשיך לפעול בתדירות נמוכה וברשת קווים בסיסית בלבד. במהלך ימות השבוע יופעל השירות עד לשעה 20:00 בערב, במקום עד 22:00 היום (למעט מוצאי שבתות וחגים שבהם יסתיים השירות ב-22:00), ויתחדש בכל בוקר עם תחילת השירות. פעילות השירות הבין-עירוני תופסק בסופי-השבוע. בשירות הקווים העירוני תופעל בימי שישי וערבי חג ובמוצאי השבת/החג רשת קווים מצומצמת, לא ברור האם גם כן בהיקף של 25%. לא יחול שינוי בהקלות שהופצו על שימוש במזומן לאזרחים ותיקים, למלווי עיוורים ולנוסעים בקווי יהודה והשומרון. בעקבות תקציב שאישר משרד האוצר, הוארכה פעילות הפקחים הייעודיים לאכיפת תקנות הקורונה בתחבורה הציבורית בחודש נוסף עד סוף אוקטובר.