פרק התחבורה בהסכם הקואליציוני עם יהדות התורה מבטל את אגרת הגודש שתכננו השרים אביגדור ליברמן ומרב מיכאלי לכלי רכב פרטיים בשעות הגודש בכבישים. במקביל, הממשלה תקדם את חוק המטרו, שבמסגרתו ייבחן תוואי המטרו המתוכנן וכן יתוקן התוואי באופן שייתן מענה מיטבי גם ליישובים הסמוכים לתוואי, כדוגמת אזור אלעד-נחשונים-ראש העין ובני ברק, תוך שימת דגש על ממשק יעיל לרכבת הכבדה ולמטרו. עוד קובע ההסכם כי משרד התחבורה יפעל לשיפור תשתיות, לרבות הרחבת כבישים ותוספת כבישי גישה ליישובים שכבישי הגישה אליהם אינה עונה על הצרכים, בהתאם לתוכנית שתוגש על-ידי סגן שר התחבורה אורי מקלב בקשר ליישובים המצויים בסמכותו. חלק ניכר מההסכם, שהושג בזכות לחץ מצד אגודת ישראל, נותן חשיבות גבוהה לתחבורה הציבורית, בכל הארץ ולא רק בריכוזים החרדיים, וזאת למרות ששר התחבורה הבא יגיע משורות הליכוד. רפורמת דרך שווה להאחדת תעריפי התחבורה הציבורית לא תבוטל, אך התחבורה הציבורית בפריפריה תסובסד כך שתעריף הנסיעה באזורי הפריפריה יופחת ולאזור הפריפריה (אזור 2) יתוספו ערים מסוימות באזור המרכז הנמצאות במעמד סוציואקונומי נמוך (2-1). ערים אלה יזכו להנחת קוד 99 המאפשרת מינוי חודשי ב-99 שקלים בתוך אזור 1. תיקון זה נועד לענות בעיקר על התעריף במודיעין עילית ובביתר עילית. עוד התייחסות עקיפה לציבור החרדי, עולה מהסעיף הקובע כי "הממשלה תפעל לגיבוש פתרונות מערכתיים לבעיות תחבורה ציבורית באוכלוסיות בהן רמת המינוע לנפש נמוכה ובהן קיים ביקוש גדול לתחבורה ציבורית, תוך הנגשת התחבורה הציבורית ומתן תיעדוף לחיבור ערי הפריפריה לתשתיות תחבורתיות. סגן שר התחבורה, בהתייעצות עם מוסדות התכנון, יגיש לממשלה תוכנית חומש לקידום התשתיות בערים שבאחריותו, בהן רמת המינוע לנפש נמוכה ובהן הדרישה לתחבורה ציבורית גבוהה, באופן שיבטיח מתן שירות תחבורה ציבורית הולם לאזורים אלה, לרבות בקשר עם הקמתם של מסופי תחבורה ציבורית חדשים בערים בהן נדרשים מסופים חדשים". סעיף נוסף מבקש לבטל את יתרון התשלום ביישומון, ונאמר בו שהממשלה תקצה משאבים על-מנת לאפשר אופטימיזציה וחישוב תעריפי תחבורה ציבורית בדיעבד, באופן דומה לנעשה ביישומון, וזאת גם באמצעי נסיעה אחרים כגון רב-קו. בנוסף, משרד התחבורה יבחן את הפתרונות שיאפשרו כך שכרטיס חופשי-יומי שנרכש ביום שישי יהיה תקף גם במוצאי שבת, וזאת על-מנת לאפשר למשפחות וליחידים היוצאים לביקורים משפחתיים להשתמש באותו חוזה נסיעה. הממשלה תקדם את הגדלתן של ההנחות הניתנות בתחבורה הציבורית לסטודנטים. במקביל, אברכים ובחורי ישיבות (מגיל 18 ומעלה) יהיו זכאים להנחה בסך של 50% מתעריף הנסיעה בתחבורה הציבורית, בדומה לסטודנטים, למשך חמש שנים לכל היותר ובהתאם לתבחינים שייקבעו. יהדו התורה דואגת לא רק לנוסעים אלא גם לנהגים. עקב המחסור בנהגי רכב ציבורי, משרד התחבורה בשיתוף עם משרד הכלכלה, יגבשו תוכנית להכשרת נהגי תחבורה הציבורית, בדגש על אוכלוסיות מעוטות השתתפות בשוק העבודה. התוכנית תכלול השתתפות בהכשרה, מלגות ותמריצי התמדה. כמו-כן, יוקם צוות משותף למשרדי רה"מ, אוצר, תחבורה ובריאות לצמצום וקיצור משך ההכשרה והביורוקרטיה לקבלת רישיון רכב ציבורי ורכב משא כבד. כדי לפתור את נושא הסעות התלמידים, בתוך 30 יום תוקם ועדה בהשתתפות נציגי המשרדים: תחבורה, חינוך והאוצר וכן נציגי הסמינרים, החינוך העצמאי ויהדות התורה. מסקנות הוועדה יוגשו לממשלה בתוך 60 יום והממשלה תפעל ליישום ההמלצות.