מאז ומתמיד נכרכה סוגית מעמד הביקורת עם מיקומו הארגוני ושכרו של מבקר הפנים, כאשר חוק הביקורת הפנימית שחוקק ב-1992, שהסדיר היבטים שונים בעבודתו של מבקר הפנימי ובכשירותו ובהם זהות הממונה אך לא קבע דבר באשר למעמדו הארגוני (החוק הקנה למבקר סמכויות אך לא עיגן את מיקמו של המבקר המדרג הארגוני).
לאחרונה עמדה סוגיה עקרונית זו למבחן. לביה"ד האזורי לעבודה בת"א הוגשה תביעה של המבקר הפנימי ברשות מקרקעי ישראל (רמ"י), שתבע לקבל שכר בדרגה של איש סגל בכיר מוביל.
ברבבות השנים נעשו ניסיונות שונים להסדיר את מעמד ושכר המבקר. בשנת 2005 הוקמה על-ידי משרד המשפטים ועדת זיילר שקבעה כי "שכרו ותנאי עבודתו של המבקר הפנימי יוקבלו לשכר ולתנאי העבודה של בעלי המשרות הבכירות הכפופים למנכ"ל של הגוף הציבורי". ועדה זו גם הציעה לקבוע מודל של מעמד שישווה את מעמדו של מבקר הפנים למעמדו של סמנכ"ל. ברם המלצות אלה לא יישומו.
ב-2013 הוקמה ועדה בראשות משנה למנכ"ל משרד האוצר (להלן - 'ועדת פרידמן'), לבחינת תפקוד הביקורת הפנימית, אך הפעם במשרדי ממשלה. ועדה זו קבעה כי "יש לפעול לעיגון מעמדו של המבקר הפנימי בתוך הארגון, באופן שיאפשר את פעולתו המקצועית העצמאית והבלתי תלויה", באשר למעמד המבקר נקבע כי הוא יימנה על הסגל הבכיר במשרד הממשלתי או ביחידת הסמך, כאשר יקבעו לכך שלוש רמות בכירות למבקרים.
המלצות אלה הוטמעו בהנחיית הנציבות שעניינה נוהל ביקורת פנימית במשרדי הממשלה ויחידות הסמך שקבעו כי "המבקרים הפנימיים יימנו על הסגל הבכיר-מוביל במשרד הממשלתי/ביחידת הסמך", כאשר שכר המבקר יהיה אחד "משלוש רמות שכר כולל לעובדים בסגל הבכיר-המוביל, זאת בהתאם לרמת הדירוג של המשרד הממשלתי או יחידת הסמך, כפי שיקבע על-ידי נציבות שירות המדינה".
בפסק דין שהתקבל ב-4.3.2021 דחה ביה"ד את התביעה תוך שהוא קובע כי העקרון שנקבע בדוח זיילר, לפיו "יש להשוות את מעמדו של מבקר הפנים לזה של סמנכ"ל בשירות המדינה", אינו מנחה, מה גם שהן דוח ועדת פרידמן, והן בהנחיית הנציבות כאמור, לא נזכרה שוב הקבלה כאמור".
ביה"ד ציין שהוא מכיר בכך שהנחיית הנציבות לעניין מעמדו ושכרו של מבקר הפנים אומנם נועדה "למנוע מצב בו תלויים מבקרי הפנים בחסדיהם של המבוקרים על-ידם בקביעת תנאי שכרם", אך במקרה הזה קבע שטענת התובע נדחית, בין היתר, כיוון שהוא "ניהל משא-ומתן עם הממונים עליו לעניין שכרו".
נדמה כי למרות התמורות שחוללה ועדת פרידמן, שאומצה על-ידי נציבות שרות המדינה, עדין ארוכה הדרך להשלמת הסדרת מעמדם של מבקרי הפנים במשרדי הממשלה ויחידות הסמך.