מדינת ישראל הופתעה מעוצם המנהרות שנתגלו. תחילה היה יחס של זלזול לסכנה ולדיווחי תושבי הרצועה על רעשי החפירות ששמעו בלילות. לאחר שסופסוף ניעור החשש מפניהן נעשתה פעולה רבתי לְגִילוּיָן ולמניעת חדירתן לישראל. משאבים עצומים הושקעו בבניית חומת-על ובעיקר תת-קרקעית למניעתן. הייתה בפעולות אלה ברכה רבה אך גם קללה בצידן: כמעט כל הצמרת המדינית והביטחונית סברה שבכך נפתרה בעיית חציית הגבול על-ידי מחבלים. היוהרה הביאה לצמצום האבטחה הצבאית, ובעיקר המודיעינית ובצה"ל לא שעו לדיווחי התצפיתניות ומקורות נוספים על הסכנה והאיום הנרקמים מאחורי הגדר.
למרות "ליל הגלשנים" לא הושם דגש על מניעת חדירה אווירית ואף סבלנו מנסיונות פיגוע מהים. אולם איש לא צפה לְמִנְהוּר כה רחב, מפותח ועמוק כפי שנתגלה במלחמה הנוכחית. הלחימה במנהרות קשה ומסוכנת ומיטב לוחמינו נפגעו שם. אולם יש להבין בעיה אקוטית נוספת: אין אפשרות לסתום או לפוצץ את כל המנהרות ולחסלן בכלל, וכאשר חוששים לשלום החטופים שכנראה מוחזקים בהן, בפרט. התוצאה היא שצה"ל מפוצץ את פִּירֵי המנהרות אך מרבית המנהרות נותרות. התוצאה היא שאם חס ושלום תוחזר השליטה ברצועת עזה לגורם פלשתיני יוכל השלטון לשפץ ולפנות את הַפִּירִים שפוצצו והמנהרות עצמן ישובו לשמשו.
ברגע שכוחות צה"ל הגיעו לחוף ימה של העיר עזה ציפינו להנחת צינור או כְּרִיַת תעלה להזרמת מי הים למנהרות. ההנחה היא שמאחר שהחטופים הם "נכס" מדיני וביטחוני לחמאס הוא יוציאם ממנהרות מוצפות, אולם החשש בעינו נותר והגביל את ההצפה שהחלה בחודש איחור. כמובן שניתן להציף את המנהרות הקרובות לים רק בחלקן, כדי להחיש את פִּנּוּיָן ממחבלים, מבלי להטביעם.
בעיה אחרת בנושא ההצפה היא אובדן אמצעי לחימה, אמל"ח ומסמכים בהצפה ולמעשה דומה שגם הצפה לא תביא לחיסולן. מטבעם מים מחלחלים ואחרי זמן צפוי שיחלחלו וישאירו את המנהרות במצב הניתן לשיפוץ. כל זה שיקול נוסף שלא למסור את השליטה בעזה לממשל פלשתיני.
מבין הרעיונות שהועלו נראה לנו הפתרון של שלטון מעין מוניציפלי שֶׁיִּמָּסֵר לנכבדים מקומיים אשר לא שיתפו פעולה עם ארגוני הטרור ותוקם מעין מועצה שתדאג למערכות המשותפות כמו קווי מים, ביוב וחשמל ודרכים בין-עירוניות, ומעליהן יפקח מעין "הנציב העליון" הבריטי בתקופת המנדט, שיהווה הגורם המקשר בין הרשויות המקומיות לצה"ל ויסייע בפתרון הבעיות שלבטח יתעוררו.